海洋与地球学院
系- 海洋生物科学与技术系
- 海洋化学与地球化学系
- 物理海洋学系
- 应用海洋物理与工程系
- 地质海洋学系
- 水声通信与海洋信息技术教育部重点实验室
- 厦门大学亚热带海洋研究所
- 海洋科学国家理科基础科学研究和教学人才培养基地
- 福建省海洋生物资源开发利用协同创新中心
- 福建省高校海洋化学与应用技术重点实验室
- 福建省高校海洋生物资源开发与保护重点实验室
- 厦门市海湾生态保护与修复重点实验室
- 厦门大学海洋观测技术研发中心
- 厦门大学海洋生物多样性与全球变化实验室
- 厦门大学海洋微型生物与地球圈层研究所
- 厦门大学海洋科学综合考察船
- 厦门大学东山临海实验与观测站
- 海洋酸化影响研究中水量实验平台
环境与生态学院
系- 环境科学系
- 生态学系
- 环境与生态工程系
- 福建省海陆界面生态环境重点实验室
- 福建省滨海湿地保护与生态恢复工程技术研究中心
- 环境科学研究中心
- 厦门海岸带可持续发展国际培训中心