信息学院（国家示范性软件学院）
系- 人工智能系
- 计算机科学系
- 软件工程系
- 信息与通信工程系
- 网络空间安全系
- 海西工业技术研究院通信工程技术中心
- 福建省无线通信接入工程中心
- 智能信息技术福建省高校重点实验室
- 福建省电子与通信工程实验教学中心
- 福建省智慧城市感知与计算重点实验室
- 福建省海西卫星导航定位技术协同创新中心
- 数字福建物联通信和体系架构安全技术重点实验室
- 数字福建健康医疗大数据研究所
- 数字福建城市交通大数据研究所
能源学院
校批机构- 能源研究院
- 新能源装备研究院
- 福建省新能源产业技术开发基地
- 福建省核能工程技术研究中心
- 福建省生物质清洁高值化技术工程研究中心
- 厦门市现代农业生物质高值化技术重点实验室
醇醚酯化工清洁生产国家工程实验室
新能源汽车动力电源技术国家地方联合工程实验室(厦门大学)
航空航天学院
系- 飞行器系
- 动力工程系
- 机电工程系
- 仪器与电气系
- 自动化系
- 工程技术中心
- 航空航天教育培训中心
电子科学与技术学院（国家示范性微电子学院）
系- 电子工程系
- 电子科学系
- 微电子与集成电路系
- 厦门大学国家集成电路产教融合创新平台